او جانب مشائيين را ترجيح ميدهد . كتب درسى أو كتب شيخ رئيس بوده . در رسالهء حركت قول به مثل نوري را باطل دانسته و تشكيك در ذاتيات را صريحا انكار نموده و در برخى از آثار ديگر خود وجود برزخ صعودى و نزولى را سخت انكار كرده است . آنچه را كه بايد يكنفر فيلسوف اشراقى معتقد باشد منكر و آنچه را كه بايد يكنفر حكيم مشايى معتقد باشد معتقد مىباشد . در آثار استدلالى أو گرايشى به حكمت اشراق و فلسفهء ذوقى ديده نميشود . كسانى كه متعرض بيان آثار و أحوال أو شده‌اند أو را فيلسوفى اشراقى و دانشمندى صوفىمنش دانسته‌اند . اين اشخاص آنچه كه در افواه شهرت داشته است برشتهء تحرير آورده‌اند و توجه بآثار و عقايدى كه اين مرد بزرگ برشتهء تحقيق آورده است ننموده‌اند . منشأ اين اشتباه طرز زندگى و وارستگى عملى اين دانشمند ايرانى بوده است مير فندرسكى متمايل به زندگى ساده و بىآلايش بوده است . معلم ثاني با اينكه مؤسس طريقهء مشاء در اسلام و مروج آراء أرسطو بود عملا بسبك فقرا و درويشان زندگى مينمود . اين طرز زندگى سبب شده است كه برخى از مترجمان حالات أو معلم را فيلسوف اشراقى و مروج طريقهء افلاطونيان جديد ميدانند . پاسخ مير فندرسكى بسئوالات آقا مظفر كاشى همانا تأييد حكمت بحثى و گرايش أو بافكار شيخ رئيس و مير داماد و خواجه و معلم ثاني مىباشد . اينكه برخى معتقدند كه ملا صدرا شاگرد سيد داماد در أفكار تحقيقى خود مانند حركت در جواهر أجسام و وحدت وجود . . . . متأثر از مير فندرسكى شده است